Existe el protocolo SSH (Secure Shell), evolución del telnet (más seguro). Windows lleva incorporado un cliente telnet no se si lleva alguno de SSH. Aquí tienes más información:
http://es.wikipedia.org/wiki/SSH
PD: Eso de que todos los sistemas no llevan un cliente ftp es falso, todos los sistemas windows (como mínimo a partir de Win98) llevan uno, el Explorer. Escribe en tu explorer lo siguiente:
ftp://ftp.borland.com. Podrás comprobar que se conecta al servidor sin ningún problema.