¿El procedimiento que ejecuta el hilo lo has creado vos?... Lo normal sería ejecutar el método Terminate, pero para esto es necesario que el código que se este ejecutando "se preocupe" por verificar el estado de la variable FTerminated, y si esta es True, que cancele la ejecución!
http://www.clubdelphi.com/foros/showthread.php?t=25299
Saludos!