Hola
Te cuento, "include" lo que hace es abrir un archivo y meter su contenido dentro de otro, tu problema reside en que el CGI no se interpreta desde local sino que intenta abrirlo a piñon, al añadir "http..." estas haciendo que el servidor interprete el CGI y te devuelva, supongo, codigo HTML.
Con passthru realiza la ejecución del CGI y muestra el resultado por la salida estandar, el problema que veo es como estas pasando los parametros, que debería ser del tipo:
Código PHP:
$enlace='p3.exe/sesasunto '.$part.' '.$p5.' '.$p7;
passthru($enlace,$salida);
Supongo que "sesasunto" es el CGI.