Hola,
Lo diré de memoria, pero, de los componentes que he probado para añadir un icono representando a una determinada aplicación en el "SysTray", todos ellos contaban con determinada propiedad/opción para hacer que dicha aplicación no se mostrara en la barra de tareas del escritorio de Windows. Me suenan
CoolTrayIcon y el componente "JvTrayIcon" de la
Jedi Library.