Hola,
Tengo entendido que el segundo es más moderno que el primero. Cuando instalé hace tiempo una distribución de GNU/Linux creo recordar que recabé algo de información y encontré que aconsejaban utilizar "Ext3". Acaso el otro se mantenga por razones de compatibilidad o algo así. No es mucho lo que he dicho, pero, ahí queda, en fin.