Hola,
yo la opción de los dos motores sólamente la utilizaría en un caso:
En la oficina decides que te es imprescindible la mayor potencia de Firebird y el servidor web es un servidor remoto al que no tienes acceso y solo tiene MySQL instalado.
Pero si el servidor web es accesible y en la oficina tienes Firebird, creo que sería complicar un poco las cosas tener dos motores, además que siempre es un poco más engorroso tener que ir traspasando datos.
Lógicamente si decides que MySQL te sirve para la oficina no hay problemas
Es mi opinion.
Saludos!