Saludos!
La verdad es que es bastante curiosa tu pregunta, asi que he estado revisando un poco los fuentes de Delphi para ver si descubría cómo y, resulta, que se da una cosa interesante. Si creamos el módulo de datos sin que lea el archivo de recursos:
Código Delphi
[-]
DMData := TDMData.CreateNew(Self);
DMData.Table := TTable.Create(DMData);
...
DMData.Table.Open;
veremos que ya no ocurre la asignación automática para la propiedad MainForm.DataSource.DataSet, quedándo esta propiedad con el valor nulo.
Si revisamos el método Create() del TDataModule veremos que llama a la función "InitInheritedComponent", ésta función lo que hace es cargar el archivo .dfm del componente y darle así valores a las diferentes propiedades. Si analizamos esta función nos encontraremos con un bucle que llama repetidamente otra función "InternalReadComponentRes" (si analizamos esta última veremos que es la que se encarga realmente de cargar los recursos para cada componente, de hecho localiza los recursos bajo el nombre "RT_RCDATA", ¿os suena?) y, además, llama a tres métodos más: BeginGlobalLoading, NotifyGlobalLoading y EndGlobalLoading. Estos últimos tres métodos, si miramos el código, veremos que lo que hacen es llamar a todos los métodos "Loaded" de una lista de componentes "globales" (es decir, o al menos creo yo, componentes que se han ido creando durante la ejecución).
Conclusión, creo que Delphi, en tiempo de ejecución, al invocar el método "InitInheritedComponent" para leer el archivo de recursos del módulo de datos o formulario (si haceis la prueba con un formulario, en vez de con un móddulo de datos, vereis que pasa exactamente lo mismo) "vuelve" a leer los recursos de todos los componentes que ya fueron cargados y por eso consigue hacer la asignación para la propiedad de la que hablábamos antes: MainForm.DataSource.DataSet. (Esta conclusión la baso en que si no cargamos el archivo de recursos, entonces, Delphi no consigue hacer la asignación).
Y para terminar solo decir que el método "InitInheritedComponent" sólo es invocado por los módulos de datos y por los formularios (que son los únicos que no necesitan ser "depositados" dentro de un control).
Chao!