relacionar dos tablas de distintas bases
 

tengan buen dia, siempre con las consultas tengo dos tablas de distintas bases de datos, quiero saber que datos son los que faltan en una tabla, ocupe un método que me captura todas las llaves primarias de una tabla en una variable y después con un not in las compara en la sentencia sql, el problema que cuando son tablas grandes este método es muy lento, tengo sybase 9 y c++ xe3 me pueden recomendar un mejor método?? de antemano gracias por su colaboración.

Creo que no queda claro si son distintas bases de datos o distintas tablas de una misma base de datos.

son dos tablas cada una en distinta base, las tablas son idénticas, mi base datos es sybase 9 y el software es c++ builder, quiero comparar las dos y saber que registros faltan en mi tabla maestra y luego agrearlos a ella.